Als de temperatuur daalt, wordt het Zwin een toevluchtsoord voor tal van watervogels die er komen overwinteren. Hoewel ganzen het hele jaar door aanwezig zijn, neemt het aantal grauwe ganzen en rotganzen in de herfst sterk toe.

De Kleyne Vlakte, de grote weide aan de ingang van het Zwin Natuurpark, is een bijzonder populaire plek om de bergeend, de scholekster, de meerkoet, de aalscholver en de Canadese gans te observeren. De kwelders (schorren) zijn de favoriete schuilplaats van zangvogels zoals de oeverpieper. De aankomstperiode in de overwinteringsgebieden eindigt eind november, wat de grote diversiteit aan vogels in deze periode verklaart.